水能资源无污染、是清洁可再生能源，符合可持续发展战略，但水电工程带来的负面影响也不容忽视。

1． 水电发展中的生态环境问题

• 　在水电工程开发中要区分两种环境问题：一种是按当前的技术经济水平不可规避的生态环境问题；另外一种是可以规避的生态环境问题。
• 　水电工程建设不可规避的生态环境问题主要包括在河流上建设大坝将连续河道变成分段型河道、水库蓄水使库区水流速度变缓、河流内水流均匀化，以及以上因素引起的生态环境、景观的变化等。随着对生态环境认识的深入，以上不可规避的生态环境问题也可以在不同程度上得以解决。

2． 水电发展中的移民问题

•    移民搬迁与安置涉及到户籍的改变、生产生活的恢复、社区的调整、道路等基础设施的重建以及移民文化、宗教、观念、生活习俗的适应等各个方面。移民搬迁前的生存状态是一种均衡状态，即使是一种低程度的均衡状态，也是在自然情况下的缓慢发展，而搬迁打破了这种平衡，使原有的社会关系解体，使他们失去了低成本的生活方式、低成本的发展方式。水库移民问题关系到库区发展及如何构建和谐社会的问题，而不是单纯的经济补偿问题。

3． 综合利用、统筹开发程度较低

•    河流的开发具有防洪、发电、灌溉、供水等多种综合效益，但是，目前的开发规划往往局限于某个方面，如水能开发规划、防洪规划、航运规划等均自成体系，由不同的主管部门管理，由不同的设计单位完成，其间的沟通和衔接不够深入。单就水能开发规划来讲，限于技术水平和管理水平，由于每一条河流大都被分割成几个河段规划，而每个河段的水能开发利用规划又局限于某个河段，整个流域的水能开发和综合调度管理线条还很粗。
• 　水电项目目前一般由企业性的项目法人负责开发，一条较大的河流甚至其中的某一段河流均由多个单位单独或联合开发，其利益驱动因素主要是发电受益，其它公益性的综合利用效益往往被忽略或降低。