散裂中子源的加速器运行时会有少量的粒子丢失而产生次级粒子，如：γ射线和中子等，这些次级粒子都具有放射性，通称为瞬发辐射。但只要加速器一停机，瞬发辐射即消失，同时也不再引起空气、冷却水以及土壤的活化。

此外，加速器运行时因活化还会产生一定量的放射性物质，如固体、液体和气体等。散裂中子源因活化产生的放射性物质总量，一般比反应堆中子源低5～6个量级，对环境的影响要小得多。散裂中子源与核武器、中子弹更是毫无关系，完全是风马牛不相及的事情。散裂中子源产生的中子是在设计的真空通道内运行的，到达指定的位置，对样品进行照射，分析样品的微观结构，这就像人们利用X射线检查身体一样。加速器是通过电子器件自动控制起停的，一旦出现故障，可以在几毫秒内自动关闭加速器。

散裂中子源可能发生的严重事故是操作人员误入辐射区而造成的人身伤害事故。为避免此类事故发生，散裂中子源设计了严格的人身安全连锁系统。而且，这类事故本身不会对环境造成任何影响。

中国散裂中子源建在地下5米的隧道内，隧道的屏蔽设计为厚度0.5－1.5米混凝土，隧道入口采用迷宫结构或钢与混凝土混合结构门。这些良好的屏蔽措施，能将散裂中子源产生的次级粒子、以及因活化产生的感生放射性屏蔽，可以使环境剂量控制在0.1mSv/年以下，是国家标准的十分之一。常年在园区地面上的工作人员，接受来自于装置的辐射，相当于人们在日常生活中接受来自于大自然的天然本底辐射水平；周边居民所接受的辐射，相当于人们在日常生活中接受来自于大自然的天然本底辐射水平的百分之一。