不同蛋白质能够执行不同生命功能的根本原因在于它们具有不同的分子结构，包括共价键结构与空间结构。蛋白质的分子结构除了氨基酸排列顺序的不同，还具有空间结构上的差异，所以分为一级结构、二级结构、三级结构、四级结构。让我们先从氨基酸在蛋白质分子中的连接方式——肽键入手，一步步认识蛋白质的一级结构、二级结构、三级结构、四级结构。
　　（1）肽键
　　蛋白质分子中的氨基酸之间是通过肽键相连的，—个氨基酸的α-羧基与另一个氨基酸的α-氨基脱水缩合，即形成肽键

（2）肽与多肽链

氨基酸通过肽键(-CO-NH-)相连而形成的化合物称为肽(peptide)。由两个氨基酸缩合成的肽称为二肽，三个氨基酸缩合成三肽，以此类推。一般由十个以下的氨基酸缩合成的肽统称为寡肽，由十个以上氨基酸形成的肽被称为多肽(polypeptide)或多肽链。
　　氨基酸在形成肽链后，氨基酸的部分基团已参加肽键的形成，已经不是完整的氨基酸，称为氨基酸残基。肽键连接各氨基酸残基形成肽链的长链骨架，即…Cα-CO-NH-Cα…结构称为多肽主链。各氨基酸侧链基团称为多肽侧链。每个肽分子都有一个游离的α-NH2末端(称氨基末端或N端)和一个游离α-COOH末端(称羧基末端或C端)。每条多肽链中氨基酸顺序编号从N端开始。书写某多肽的简式时，—般将N端书写在左侧端。