生命活动中的大部分功能都是通过蛋白质执行完成的。根据蛋白质的功能特点，可见其大致分为以下几类：
　　酶类是具有催化作用的一类蛋白质。种类繁多。生物体内的一切化学反应，几乎都是在酶(enzyme)催化下进行的。没有酶，就没有新陈代谢，也就没有生命。
　　激素蛋白类 对人和动物体内某些物质的代谢过程，具有重要的调节作用，从而保证机体的正常生理活动。例如：胰岛素能够调节人和高等动物细胞内的葡萄糖代谢过程。缺乏胰岛素，就会产生糖尿病，危及生命。
　　运输蛋白类 专门运输新陈代谢所需要的各种小分子、离子以及电子，还有分子从细胞膜的一边转运到另一边的 transporter。例如：人和动物红细胞中的血红蛋白能够将氧气从肺部运送到组织细胞，供生物氧化使用。煤气中毒的实质是：煤气中的一氧化碳与血红蛋白相结合，使其失去了运输氧气的能力，从而危及生命。小肠吸收营养，细胞分泌激素，胃酸分泌，细胞维持内外不同的离子浓度，都需要这些转移蛋白质。
　　运动蛋白类 能使细胞或生物体发生运动。例如：人和动物的运动靠肌肉收缩来实现。肌球蛋白和肌动蛋白是参与肌肉收缩的主要成分。
　　防御蛋白类 能抵御细菌、病毒等异物对机体的侵害，保护机体。例如：抗体能与细菌，病毒选择性地结合，补体则杀死细菌、病毒；干扰素能杀死病毒；凝血酶和血纤维蛋白原参与血液凝固，防止大量血液从伤口流出。
　　受体蛋白类 存在于细胞的各个部分，在细胞之间化学信息的传递过程中起重要的作用。例如：细胞膜上的膜受体能选择性地接受相应的激素或神经递质，向靶细胞内传递信息。
　　生长、分化的调控蛋白类 对细胞的生长，分化、基因表达起调节作用。例如：组蛋白、阻遏蛋白、表皮生长因子、调控基因表达的转录因子等。
　　营养和贮存蛋白类 能贮存氨基酸等，作为人和动物的营养物；为胚胎发育提供营养。例如：卵白中的卵清蛋白、乳汁中的酪蛋白，小麦种子中的醇溶蛋白等。
　　结构蛋白类 是不溶性纤维蛋白质，具有强大的抗拉作用，作为机体的结构成分。对机体起支持作用。例如：存在于皮，软骨和肌腱中的胶原蛋白，羊毛、头发，羽毛，甲、蹄中的α-角蛋白，昆虫外壳中的硬蛋白。蚕丝中的丝心蛋白。韧带中的弹性蛋白等。