神舟4号是飞行试验是无人状态下考核最全面的一次飞行试验，其中包括飞船和火箭系统、测控系统、航天员系统、陆海应急救生系统、主着陆和备用着陆场等。

　　这艘飞船在充分继承前3艘无人飞船成熟技术的基础上，增加了人工控制和在轨自主应急返回等多项功能，以便进一步考核飞船系统的工作性能、可靠性和安全性，获取航天员在船上的生活环境和与航天员安全相关的数据。

　　其实，此前成功发射的神舟2号和3号飞船已具备了载人条件。在那两次飞行试验中，与载人有关的功能和性能都经受了真正的发射、太空环境和回收的考验，并证明是达标的。而神舟4号又作了一些改进和提高，特别是提高了安全性。为了确保航天员的安全，共设计了8种救生模式，以确保飞船发射后的不同阶段若出现意外都能保证航天员安全返回地面。

模拟人

　　此外，还对所有材料进行了化验检查，在满足医学指标的基础上，进一步从工效学的角度，对飞船内部设施进行了优化，使其符合人的生活、工作习惯。例如，调整了仪表的颜色、大小，并考虑到各种仪器、开关在失重状态下的操作特点，增加了关键事件的语音提示和重要操作事件的时间提示。

　　神舟4号是首艘经过“装修”的飞船。科研人员按照载人要求，对飞船内的电缆、管路等进行了保护，并在选择颜色时煞费苦心。此外，神舟4号的所有舷窗玻璃都换成了一种新材料，保证完成航程返回再入大气层后，舷窗透光性能良好，可使航天员着陆后能可靠地判断着陆地形，决定是否脱掉主伞。

　　航天员系统和飞船环境控制与生命保障分系统全面参加了试验，以进一步验证飞船内载人环境参数和环境控制及生命保障分系统飞行状态。神舟4号上天之前，训练中心的预备航天员进入飞船进行了实际体验。

　　另外，与以往飞船发射不同的是，这次在飞船里安置了2个穿航天服的模拟人。而神舟3号曾经配置了1个“模拟人”。它们能够定量模拟人在太空中的重要生理参数，如脉搏、血压、呼吸和饮食等，通过地面监控对船内各系统进行全面考核，便于对获得的大量数据进行分析，进一步验证船内载人的安全性、可靠性，为中国今后真正实施载人飞行奠定基础。以“模拟人”这种无生命载荷取代动物，在飞船内模拟、检验飞船载人状态，这是中国科学家在世界上的首创。中国科学家自上个世纪90年代初开始从事这项工作，至今已有10多年的历史。

　　这艘飞船载有52件科研设备，在太空自主飞行和留轨飞行期间进行了微波遥感对地探测、空间环境综合监测、微重力流体物理实验和生物技术研究实验4项科学研究。

　　与前3艘飞船不一样的地方还有：为了应对由于气象等原因飞船不能返回到内蒙古中部主着陆场的情况发生，提高返回的成功率，神舟4号飞船具有返回酒泉副着陆场的能力。如果飞船应急返回的话，利用船上的世界地图，可选择着陆区，当时各着陆区的返回启动时间和程序都已具备。按照正式载人飞行的要求，这次试验飞行还设立了若干陆上应急救生区和海上应急救生区，部署了海上应急救生船和几十架飞机，救护人员到位并进行了有关演练。