超级计算机的计算速度一般以计算机系统“每秒执行的浮点运算次数”(Floating point Operations Per Second，Flops)为单位，并定义了扩展单位MFlops(百万次(10⁶)浮点运算每秒)、GFlops(十亿次(10⁹)浮点运算每秒)、TFlops(万亿次(10¹²)浮点运算每秒)、PFlops(千万亿次(10¹⁵)浮点运算每秒)和EFlops(百亿亿(10¹⁸)次浮点运算每秒)等。

如何刻画超级计算机的计算速度

现在，刻画超级计算机性能的计算速度通常有以下三种：
① 峰值速度：峰值速度是通过计算得出的，故也称理论峰值速度，其计算公式为:
理论峰值速度(亿次) = 节点机每个CPU主频(MHz) CPU每个时钟周期执行浮点运算的次数 CPU总数目/108。
② 实测速度：用评测软件对机群系统计算速度的实际测试值。目前国际上通用的超级计算机或高性能计算机评测软件是《Linpack》——这是一套采用求解线性方程组和特征值问题的方法来综合评价超级计算机浮点运算性能的基准测试软件。实测速度能更客观地反映系统的实际计算性能，对用户而言，实测速度比峰值速度更有意义。
③ 运行效率: 一般是指超级计算机实测速度与峰值速度的比率。运行效率越高，表明系统具有的处理资源等经过合理的系统设计得到了更有效的发挥。相对于由处理器数量和性能决定的理论峰值速度而言，运行效率显然是一个能够更全面、科学地反映超级计算机性能和技术先进性的指标。