自然保护区事业是政府主导的构建人与自然和谐关系的重大举措，理论上讲是目的性很强、有针对性措施、效用也应当显蓍的自然保护方式，因为我们所有社会活动、政府管理大方向体现的都是以人为本，唯自然保护区大方向是以自然为本。如果忽视和否认保护区以自然为本的本质，在与开发建设的激烈竞争中它就无法很好地代表自然生态利益，甚至会失去正当性，也就无法实现国家保护目的，《全国主体功能区规划》明确自然保护区“禁止开发区”的地位是有充分道理的。针对申报拟建立自然保护区所在区域可能有开发建设计划而否定保护区的建立，以及迁就开发建设项目调整已有保护区范围，曾有人仗义执言，说假如北京故宫的下面发现了石油，难道要把故宫拆了不成？
在一个理性社会，当然绝不会为了开采石油拆除北京故宫，因为后者具有永衡的价值。情同此理，按照国家保护目标地理分布及受威胁情况，该建立的自然保护区一定能建立，顺应自然对策发展需要应该采取的人类威胁减免措施一定能落实下去，即便有更大的经济利益也要规劝利益相关方忍痛割爱，当仁不让确保实现保护功能，就是自然保护和保护区相对于经济利益及其人类活动的优先性，就是坚守保护的“生态底线”。而从实践看，为了自然生态利益，把一些经济活动区转为人与自然共同利用区或生态恢复区也是完全可能的。
如2000年前后，借着退耕还林还湖政策，新建了不少恢复性保护区，一些保护区为形势使然也多有退耕表现；与保护区有交叉的一些油田，采完油后恢复油井场区土地生态功能，继续纳入保护区管理；农村进行分散居民点的适当集中归并，撤并自然村发展中心村，迁村并点以及扶贫开发中腾退出的土地，也有归并到邻近保护区作为自然保护用地的。由此而一个自然区域，即便有重要经济发展潜力，如丰富的土地、淡水、能源（特别是水能、风能）、矿藏、生物、旅游资源或不可多得的深水良港、绝佳厂（场）址、坝址等，但区域本身同时有彰明较著的自然生态利益需要予以特别保护时，也不能说就放弃保护不建立保护区，或者任何人类威胁都得不到管理，甚至调整或整体撤销保护区。这既为实现国家保护目标所必须，也有经济上的充分可行性，“所必须”代表着自然保护价值追求和国家长远利益，是绝对的，“可行性”代表着经济社会成本和现时经济利益关系，是相对的，可以再选择，所有经济活动其实都有替代途径。社会对大自然仍然充满着爱，我们对自然保护区的未来充满信心。
但是，自然保护区是自然-经济-社会复合生态系统现状下的划区保护，本身虽然追求以自然为本，却存在于全社会以人为本的汪洋大海中，每一个自然保护区的每一天差不多都受到程度不同的人类活动影响，也是“树欲静而风不止”，不是可以想当然成为世外桃源的。一个自然保护区的批建和运行管理，不是只划界立标、保护区域生态自然性和野生动植物自由生存繁衍空间良好性的孤立事件，而是涉及社区居民生产生活、所在地甚至更大范围人和事的现状与未来，也会经常面临社会上各种商业性开发建设诉求，和经济社会发展有着密切联系。
自然和人民大众，是一个国家最可宝贵的资源和财富，从人的一般价值取向和事物发展的一般规律出发，无论政府治理还是公民社会，都会寻求保护和发展也即自然和人的利益的最大平衡。过去一个时期，人们只顾实施人类自己的对策，战天斗地，竭泽而渔，破坏生态平衡，威胁地球生命支持体系安全，这种不可持续的发展方式已被唾弃。但是，人们也不希望经由自然保护区张扬自然生态利益，创造有利于自然对策发展的条件时，对人的现实利益造成太大影响，果真如此也是自然保护区不能承受之重。自然保护区以保护为主、兼顾发展，确保自然对策最大化，又要应对人类对策最大化的现实和潜在威胁，不仅有社区经济社会体系，社会上涉自然保护区开发建设诉求也很多，有的事关基本民生问题，有的属相邻关系，有的是公共利益，更多的为商业利益，不能全支持，也不能全反对，要以事物本身的合理性及实际生态影响尽量科学把握。
如果限制和禁止事项太多，传统社区主人翁地位流失，生产生活受影响甚至生存困难，就背离了以人为本，一些相邻关系方、公共利益方也会有更大意见；但是没有具体管控要求，不画杠杠、没有政策，就起不到保护的作用。而土地和水体都具支持自然保护和经济发展的复合功能，其中某些功能是相互独立乃至对立的，当开发利用强度较小且用途比较单一时，和自然保护的矛盾不明显，当集约和过度利用时不能兼容保护的问题就暴露出来了。如导致土地功能改变、草场退化、森林消失、水面干涸或水体富营养化、动植物适宜生境减少；河流自然特征改变、生境隔离、洄游通道阻断、大型水生动物失去避害趋利的生境条件和生物功能（如声纳失灵）等。旅游，在一定程度上可以制约生态后果更为严重的其他开发建设活动，可是当经济利益促使过度开发旅游时也会出现破坏。
自然保护区从人与自然矛盾中来，继续纠结在利益冲突中，需要有“生态优先”的思想和决策方向，“生态底线”的坚守，也需要处理涉及到的发展建设、经济利益等具体问题，这就有个以自然为本前提下，如何管理人类威胁也即如何体现、落实、达到“保护”的问题。从历史经验、社会现实和自然生态发展对策看，自然保护区工作既要始终坚持生态优先的思想和决策方向，牢牢把握生态底线不突破，争取最大可能的保护，促进自然对策最大化；也要尽可能增强与发展的协调性，不能眉毛胡子一把抓，为了一些不必要的更严格保护举措或价值不大的重置性保护，引发更多新的矛盾冲突，确保在实现保护目标的过程中，对人类现实利益的制约、冲击是理性的、合理的，自然生态和社会公论都可以接受的。我们是唯物主义者，是在人的生存发展也面临许多限制因素、经济社会现状不怎么令人满意的人类社会体系中开展自然保护，维护自然对象物利益，要以科学的态度、最大的诚意，从理论和实践上追求与经济社会发展、与人类基本利益诉求更为和谐的自然保护，树立更容易为可持续发展社会主流意识所接受和人民大众更喜爱的自然保护区形象。