在自然保护区语境中，“保护”远非普遍意义上的自然资源合理开发利用、生态环境保护所能涵盖的，而是有着具体地理空间、代表性（主要）保护对象、长远保护目标和选择性管护措施的保护，主要是最大限度地禁止和限制以追求经济利益最大化为目的，可能改变保护地域自然原貌和自然生态进程的人类活动，据以最大限度地维护和张扬自然生态利益。自然保护工作基于保护区已经发展出多项功能，包括支持科研教学（发挥生物学、生态学、历史文化样本和基地作用）、开展宣传教育（自然科学及人文信息展示、传统文化、知识传播与环境教育、参观游览、文学艺术创作）和促进社区发展（促进交流、替代产业）等，但第一位的任务仍然是有效管理人类威胁，防止开发破坏，维护区域生态的自然性。
自然保护区不是单一保护功能，但实现保护是前提，其他都围绕保护、为了保护或得益于保护而展开，并且建立在保护目的充分实现基础上。因而，在传统经济学原理和一般知识体系中，自然保护区除具有自然资源的贮备功能外，不是现时经济活动的展开、发展的促动、财富的积累、国民生产总值的增长，而是经济的“负消耗”，是站在大干快上等经济活动“对立面 ”的。如一个依法建立并有管理的自然保护区，依法具有不作为典型经济社会发展区域，以及不接受开发建设活动干扰、破坏的优先性，也就是不能进行对自然对象物可能造成实质性危害的资源开发利用和生产建设活动，针对各种可能的开发建设计划要进行充分有效的协调、优化，要未雨绸缪地主动监管可能的开发建设威胁，该禁止、限制的要坚决予以禁止、限制，千方百计防止人类活动对自然保护区的冒犯、经济利益对生态利益的冲击。然而，我们整个国家治理是以经济建设为中心的，树立和落实科学发展观，第一要义也还是发展，发展是人类社会的真谛，不发展就没有出路。
所以，一个具自然价值和保护价值的自然区域，尽管从直接自然生态利益和间接人类利益出发，将其作为自然保护区意义重大，但如果这一区域同时蕴藏有经济社会发展资源并且具备开发利用条件的，随时都有可能遇到基于现时发展诉求和经济利益驱动的人类社会的觊觎和威胁。自然保护区为防范这种觊觎和威胁的事实发生而建立，并且耗费人力、财力持续进行着管理，然而某些情况下，仍逃避不了现实经济利益诱惑下各种形形色色的开发建设活动的挑战，时刻存在着失去“自然”性而变为发展区域的风险。
客观上的原因在于，构成和承载保护区自然价值的地域空间——土地、水域和内生其中的或经过的（如风）生态系统组分——森林、草地、水体、矿藏、资源性野生动植物、各种景观及一定厚度的地表（沟通地表、地下水）、一定高度的净空（与鸟类起降飞行、植物生长、景观保持有关）等，同时具有经济资源要素属性，可以作为财富之源，用于经济社会建设，转化为现实经济利益，直接服务于人的生产生活，并且“为了人”的目的性很有吸引力，其作用、意义很容易被放大。这种自然生态利益与人类社会经济利益在一个具体自然生态区域、具体自然对象物上的同源性特征，使自然保护区的建立和运行管理牵涉到了人与自然、发展与环境以及眼前与长远、个体（集体、团体、企业、单位）与社会、局部（地方、部门）与全局等各种复杂的社会经济利益关系。
生活在现实社会中的人，在自然保护和经济发展问题上也常常表现强烈的两重性特点，当着保护和发展、和经济利益没有矛盾冲突的时候，倡导和落实保护是没有问题的，自然保护区初建首先得到所在地政府大力支持，国家级自然保护区自下而上的产生模式表明得到了各级政府的大力支持，各级机构编制管理部门根据需要批准设立自然保护区专门管理机构和适当的人员编制、各级财政部门尽可能安排保护区运行管理所需经费等，都充分说明了这一点。然而当保护和发展有矛盾时，情况就开始变化，是继续维护自然生态利益还是寻求“看得见、摸得着”的现实经济利益，会有不同的处理方式，有坚持保护的，也有千方百计放弃保护的。人们常说发展与保护是对立的统一，可以并行不悖实现双赢，这只能是抽象概念和宏观把握，不能代替处理具体地点、具体保护对象与具体开发建设项目间的具体矛盾冲突，因为已经很具体了，双赢的目标趋向会受到双方相互掣肘限制。人们也总结人类几千年文明史，面对严重环境问题高度重视走可持续发展道路，不断采取各种有效措施，尤其突出强调了保护生物多样性、维护自然生态利益的极端重要性，但这并不代表自然保护区必然会优先于经济社会发展，在各种矛盾冲突中都能胜出，确保顺利到达目标彼岸。所以，现在自然保护区事业虽然在总体上取得较大成就，但许多保护区都面临着严峻挑战，一些自然价值高度没有得到很好维护，有些甚至遭遇被开发破坏的厄运。
我国自然保护区工作走到今天，虽然在完善目标覆盖、全面发挥各项功能上还存在不小差距和许多困难，如保护目标导向下合理的空间布局和面积规模，珍稀濒危物种的生境改善和种群复苏，土地使用权人经济利益受损后的（生态）补偿及区社和谐关系的构建，科研监测、宣传教育要达到的高度，旅游休闲、影视拍摄等非资源消耗性利用活动的合理掌控，进一步完善工作体制、机制以降低成本、提高效能等。但除有针对性新建自然保护区适应一些自然对象物的抢救性保护需要外，最紧迫也是最棘手的问题，仍然是如何正确应对与发展的矛盾和利益冲突，切实维护自然保护区不被实质性开发破坏的大局。大家都在讲加强保护区管理，也有不小的人、财、物成本开支，但许多自然保护区地位并不稳定，尽管它由人自主设立，可是人亦常常还其以眼色，新的开发建设不断，一些保护区被通过各种方式改变了自然之常态，成为典型的经济社会发展区域，甚至出现“保护区”变成“开发区”的现象（中国环境报，2012.3.16），自然保护区也需要被保护的呼声不绝于耳。这是关乎自然保护区事业成败的重大问题，解决的关键是在何原则下来处理自然保护和发展、和经济利益的关系，决定性因素在于人，在于决策者的睿智和坚守，也在于广大公众的决策参与。
以发展压保护，不坚持保护，放弃保护，是错误的，谁也担当不起此一历史责任；脱离实际搞过度保护，也不是科学的态度，将加剧更大范围内人与自然的矛盾；不能合理救济为自然保护区事业做出贡献的地方和人民尽快赶上全国发展的步伐，仅靠他们的热情和自上而下的要求搞保护，亦绝难长久坚持。我们要积极主动地面对保护与发展业已存在的和有可能新发生的各种具体矛盾和利益冲突，努力从指导思想、经济政策、体制机制等方面寻求新的突破，提供良好的保护环境，呵护自然保护区事业一路走好，实现其伟大历史使命。我国现代自然保护区事业虽然已有几十年历史，保护区面积占国土面积的比例也已达到约15%，但和悠久的人类文明史相比还很幼稚，在到处充满着的人类活动威胁下还存在很大的不确定性。自然保护和保护区还需要在同以经济发展为中心的社会主流价值观念、主体运行模式以及不同行业、部门、地区、社会群体甚至个人利益的矛盾磨合中曲折前行，犹如逆水行舟不进则退，我们对此应该有充分的估计，有能力科学应对各种情况并大有作为才对。