当我们清晨起床后，深深吸一口清新的空气，喝一杯可口的酸奶，品尝着美味的面包或馒头时，我们就已经在享受微生物带来的恩惠了。当你品尝着香喷喷的豆奶时，有没有想过其中有多少土壤微生物参与？当你拔出豆科植物的根系时，你会发现那些根须上面长满了瘤子。那是根瘤菌！尽管空气中有百分之八十是氮气，但是一般的植物是不能直接利用氮气的。这个时候就需要根瘤菌了。植物的根毛分泌有机质吸引根瘤菌吸附在根毛周围，并大量繁殖，同时产生一定的分泌物，这些分泌物刺激根毛，使其先端卷曲和膨胀，同时，在根菌瘤分泌的纤维素酶的作用下，根毛细胞壁发生内陷溶解，随即根瘤菌由此侵入根毛，形成瘤子。这些根瘤菌能直接利用空气中的氮气，将氮气变成氮肥直接供植物利用，所以一些豆科植物在没有施用肥料的情况下也能生长良好。还有一些硝化微生物也能将无机氮变成有机氮，最终被植物利用，一些反硝化微生物却有脱氮功效。这两种菌共同合作维持着土壤的氮素平衡。
土壤微生物不仅能够给人们带来收益也会带来灾难。可以说，土壤微生物对人类来说是一把双刃剑，在人们得到好处的同时又隐藏着威胁。19世纪末期，伊丽莎白公园发生大量河马死亡事件，当地人吃了死去的河马尸体后也相继死去，造成了不小的恐慌。经过多番研究，才被确定是炭疽杆菌引起的。炭疽杆菌在土壤中居多，量少并不能引起疾病，但是当你吸入过多就能从损伤的皮肤、胃肠粘膜及呼吸道进入人体后，首先在局部繁殖，产生毒素而致组织及脏器发生出血性浸润、坏死和高度水肿，形成原发性皮肤炭疽、肠炭疽、肺炭疽等。当机体抵抗力降低时，致病菌即迅速沿淋巴管及血管向全身扩散，形成败血症和继发性脑膜炎。还有一些土壤微生物，他们能分泌酸或碱，随着他们世代繁衍，土壤变得越来越酸或越来越碱，将土壤酸碱化，不仅粮食得不到好收成，甚至连杂草都无法生存。
土壤微生物与人类的关系相辅相成，我们在利用他的同时也应该预防它。