1、诗集：《唱给大自然的歌》。1983年12月科普出版社广州分社出版；
2、诗集：《科学的旋律》。1984年2月黑龙江科技出版社出版；
3  诗集：《飞跃吧，China 》。1984年4月江苏科技出版社出版；
4、诗集：《云帆》。1985年9月科普出版社广州分社出版；
5、诗集：《生命奏鸣曲》。1987年7月北方妇女儿童出版社出版；
6、诗集：《爱的星河》。1989年1月漓江出版社出版；
7、诗集：《郭曰方诗选》。1992年6月花山文艺出版社出版；
8、诗集：《爱情、友情、乡情》。1993年5月外文出版社出版；
9、诗集：《新三字经》（与李汉秋合作）。1995年2月科学出版社出版，2002年3月修订再版；该书2001年1月译成日文在日本出版发行；
10、诗集：《中国科学文艺大系科学诗卷》（主编）。1999年9月湖南教育出版社出版；
11、诗集：《科学精神颂》（与郑培明合作）。2000年12月广西科技出版社出版，获全国优秀科普图书三等奖；
12、诗集：《郭曰方爱情诗选》。2001年4月香港语丝出版社出版；
13、诗集：《古风今韵未了情》。2004年8月人民日报出版社出版；
14、诗集：《精彩人生——人民科学家颂》。2004年12月广西科技出版社出版。《精彩人生——人民科学家颂》诗歌朗诵演唱会全国各地高校演出40余场，受到舆论界的广泛关注；
15、诗集：《共和国科学家颂》。2007年11月江西高校出版社出版。2008年获中华优秀出版物提名奖，并被评选为新中国成立以来最受读者喜爱的10本科普图书候选书目；2010年7月获中国优秀科普作品奖。在中宣部的支持下在全国重点高校举办了40余场专题诗歌朗诵演唱会，引起强烈反响；
16、诗集：《中国精神——汶川抗震救灾英雄颂》（主编、作者之一，著名诗人李瑛作序）。2008年7月江西高校出版社出版。同年获第二届中华优秀出版物“抗震救灾特别奖”提名奖；
17、诗集：《科学发展三字经》，2009年2月江西高校出版社出版；
18、诗集：《古诗中的科学》8本 （主编）。2010年6月甘肃少儿出版社出版；
19、诗歌：《共和国大厦的建设者》，在1998年2月周恩来总理百年诞辰大型影视音乐诗会上由著名艺术家林中华朗诵，北京电视台播出；
20、诗歌：《大地上的论文》。2001年8月9日中央人民广播电台播出；
21、诗歌：《人民的科学家郭永怀》。2004年1月20日中央电视台春节晚会播出，著名朗诵艺术家殷之光朗诵；
22、诗歌：《新世纪的曙光》，在文化部、中国科学院庆祝建党80周年文艺晚会上由著名艺术家王庆祥朗诵；
23、诗文集：《当代科学家诗文选》（编委会副主任、总审稿人）。2002年10月电子工业出版社出版。2003年获全国科普图书奖二等奖；
24、少儿科普诗文集：《认识周围的世界》。2003年9月和平出版社出版；
25、诗歌理论：《中国科学诗论》（合作）。1991年12月黑龙江科技出版社出版；
26、散文集：《擎起共和国的人（与方竟成、王曙光合作）。1998年9月人民日报出版社出版；
27、散文集：《生命是一条长长的河》，1999年1月科学出版社出版；
28、散文集：《苦恋今生》。2004年12月电子工业出版社出版；
29、古诗词集：《曰方吟草》。1997年7月大地印刷厂；
30、《毛泽东诗词大词典》注释本（副主编、撰稿人之一）。1993年11月中国妇女儿童出版社出版；
31、《邓小平论科学技术》（编辑组主要负责人之一）。1998年1月科学出版社出版；
32、政治论文集：《邓小平科技思想学习纲要》（编写组负责人、撰稿人之一）。1998年1月科学出版社出版；
33、《邓小平科技思想学习纲要讲解》（主编、撰稿人之一）。1998年1月中央党校出版社出版；
34、纪实文学：《邓小平与中国科学院》（合作）。1999年10月江西教育出版社出版，2009年10月再版；
35、纪实文献：《江泽民与中国科学院》（执行主编）。全国人大常委会副委员长路甬祥作序，即将出版；
36、纪实文学：《方毅传》（主要作者、特邀主编）。2008年10月人民出版社出版；
37、《方毅文集》（顾问）。2008年10月人民出版社出版；
38、《国家荣誉——最高科技奖获得者报告文学》（主编）。路甬祥作序，2009年10月江西高校出版社出版；
39、《科学春天里的年轻人》文集（编委）。2009年10月科学出版社出版；
40、《认识周围的技术》（主编）。2003年9月和平出版社出版；
41、《揭示高技术的秘密》（主编）。2003年9月和平出版社出版；
42、《今日十万个为什么》6本（副主编、编委会副主任）。2009年5月安徽少儿出版社出版。获2009年度中国出版者协会最佳读物奖；
43、《人类文明大揭秘》6本（编委）。2010年3月21世纪出版社出版；
44、《文化之悦？科普》10本（副主编）。2010年12月21世纪出版社出版；
45、《少儿科普名人名著书系》50本（编委）。2009年5月湖北少儿出版社出版；
46、《中国当代科普精品书系》15套200余本（编委会副主任）。2009年期陆续出版，至2010年底出齐；
47、论文集：《论科学技术与精神文明》2本（主编）。2001年7月科学出版社出版；
48、电视文学剧本：《心中的世界》。1999年1月科学出版社出版；
49、纪实文学剧本：《杰出的机器翻译专家》。1999年1月科学出版社出版；
50、 电视文献纪实片剧本：《前进中的中国科学院》。1999年1月科学出版社出版，该剧获全国电视新闻二等奖；
51、30集电视文献脚本：《共和国科学档案》（总编审，编写大纲组织者和总起草人）。1999年10月在中央电视台连续播出一个月，获中国科学院“科星新闻奖”一等奖；
52、中国科学院学部成立50周年纪实文献片：《光辉的历程》（撰稿人之一）。2005年在中央电视台连续播出；
53、纪实文献：《激情岁月》、《激情岁月 续集》（主编）。2004年9月、2005年10月中国科学院离退休干部局组织编撰；
54、中央电视台2002年春节晚会《春天的聚会》（策划人、撰稿人之一）；
55、中央电视台2004年春节晚会《科学、文明、健康》（撰稿人之一）；
56、《丹心谱——60年中华情网络征文获奖作品集》（编审）。2009年10月科学出版社出版；
57、《中国科学院、中国工程院两院院士书画集》（主编）。1999年9月希望电子出版社；
58、《中国科学院55周年珍藏册》邮册（主编）。2004年10月华科新文化发展公司出版；
59、中国科学院成立60年科技邮票珍藏册《与科学共进，与祖国同行》（负责编辑撰文及审稿）。2009年10月由清华华科文化有限公司出版发行；
60、《退休者生活顾问》（编委、撰稿人之一）。1983年2月黑龙江科技出版社出版；
61、《岁月如歌，记忆印画》（撰稿人之一）。2009年10月科学出版社出版。