中国科学院于1949年11月在北京成立，是国家科学技术方面最高学术机构和全国自然科学与高新技术综合研究发展中心。嫦娥工程探月是中国人几千年来的梦想，中国科学院在多个方面都参与了嫦娥工程。具体主要包括：

1、负责科学目标和有效载荷配置方案的论证与制定。
2、牵头组织科学探测数据的深化研究。
3、承担了地面应用系统的研制、建设与任务执行。主要包括：制定卫星有效载荷的探测计划；有效载荷在轨运行管理和状态监视；探测数据的接收、处理、存储、授权发布与应用研究。
4、承担了测控系统VLBI测轨分系统的研制、建设与任务执行。
5、负责有效载荷分系统的研制任务。共7种科学探测仪器和1套有效载荷数据管理子系统，全部由中科院的单位承担。
6、除了上述直接承担工程任务的研究所外，我院还有多家单位间接承担了嫦娥二号的相关任务，如西安光机所承担了CE-2卫星系统紫外敏感器的镜头研制任务等。