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细菌毒素种类很多，而且，科学家们还在以相当快的速度陆续发现新的毒素。随着生物医学技术的发展，许多毒素的致病性及致病机理逐步弄清。毒素之间还有复杂的关系。
除了分成内毒素和外毒素两大类外，对毒素的分类还有各种方法。因为外毒素的危害远比内毒素强，所以以下分类主要是指外毒素。
1）根据寄主细胞和靶器官类型分类。可以按照毒素作用的寄主细胞和靶器官类型分类，例如：细胞毒素、作用于神经细胞和器官的神经毒素和白细胞毒素；也可以根据产生毒素的微生物命名，像绿脓杆菌产生的毒素就叫绿脓外毒素A；或根据毒素所致疾病的名称命名，如霍乱毒素、痢疾毒素和破伤风毒素等。
2）根据毒素的结构和功能分类。根据外毒素的结构和功能可分为3个类型：A—B毒素、膜损伤毒素和超抗原毒素。
A—B毒素。毒素由A、B两个部分构成，多数细菌毒素属于此类。A部分具酶活性，B部分起结合作用，A—B部分之间的结合可用酶切开，但两部分仍以二硫键(一S—S一)连接。A部分进人到寄主细胞时，一S—S一键打断，A部分与B部分脱离，B部分进入细胞质中。
膜损伤毒素。该类毒素也有两种不同作用机理，一种为蛋白质毒素插入到寄主细胞质膜，形成腔或孔直接同细胞质连接。因为细胞内细胞质的渗透压比外环境高，寄主体内组织中的水便会通过腔或孔大量涌入寄主细胞内，使细胞膨胀，甚至破裂。另一种损伤膜的毒素主要是酶类，例如磷脂酶，可以去除磷脂部分的电荷，使寄主细胞的磷脂双层结构破坏，造成细胞裂解。这类膜损伤毒素有时也叫溶血素。
超抗原(SAg)毒素。1989年以来，发现某些细菌毒素，主要是葡萄球菌肠毒素、链球菌致热性外毒素。它们与常规抗原不同，不需要常规抗原而直接结合到细胞或组织的受体上，引起休克等等。
3）根据细菌毒素蛋白质分类。
结合到寄主细胞表面蛋白质的结合类毒素。大肠杆菌的热稳定毒素(ST)和葡萄球菌中毒性休克毒素(TSST—1)属于此类。
转运—受体分子修饰类。许多细菌毒素属于此类。此组毒素具有ADP一核糖基化酶活性，有两个功能区，一是毒性部分(toxic)，另一为载体(vector)。整个毒素的A区(活力区)是一稳定构型，由B结合区携带。B区可结合到寄主细胞表面，通过胞吞作用后转送A区通过膜，从而达到细胞质靶位。例如破伤风和肉毒毒素便属于这类。
膜损伤毒素。它们入侵靶细胞，使细胞膜受损伤而大大增加通透性，这一点对于细胞是致死性的。革兰氏阳性和阴性菌都可产生这类毒素。研究得比较清楚的是葡萄球菌毒素。不同毒素与不同受体分子结合，如霍乱毒素结合的受体是神经节苷酯，白喉毒素则是结合在一种类似生长因子前体的膜蛋白上，苏云金杆菌的结晶δ一内毒素及气溶素的受体是GPI一锚蛋白，绿脓杆菌细胞毒素的受体为水通道蛋白质，等等。
 寻找毒素 某些代表性的内毒素
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