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 1980年曹文宣院士在中国鱼类学会学术年会上对区系复合体的概念提出质疑，认为它没有时间和空间上的界限，应予以摈弃。1998年刘焕章博士等在《动物分类学报》上发表“中国淡水鱼类的分布格局与东亚淡水鱼类的起源演化”论文中指出：中国淡水鱼类在各地都是以鲤科鱼类为主，因此，鲤科鱼类的起源演化规律反映了东亚淡水鱼类的起源演化规律。提出除裂腹鱼类以外，现生鲤科鱼类类群在中国的分布可以分为6个类型：
1、广布型分布：包括黑龙江、长江、珠江等水系，部分种类甚至到日本和韩国，例如中华细鲫、鳊等。
2、长江以北分布：包括黑龙江、黄河、额尔齐斯河等水系，例如鱥属、雅罗鱼属。
3、长江及其以南分布：主要是长江及其以南，红河以东的地区，例如倒刺鲃属、圆吻鲴属等。
4、珠江流域分布：包括浙、闽地区，例如瑶山鲤、唐鱼等。
5、西南地区分布：主要是红河及其以西的水系，例如 *亚科、野鲮亚科的一些属种。
6、其它区域性分布：最主要的是云南高原湖泊和长江流域的分布。
对于东亚淡水鱼类而言，红河是一条非常重要的水系，许多东亚种类的最西界限在红河。无论在属级水平还是种级水平，分布格局都是如此，但在种级水平上，其它区域性分布的比例更高些，而在属级水平上，广布型的比例高得多。在去掉广布型以后，这种分布格局表现出在长江以北和长江以南存在较大的差异，以及物种数量由南向北呈现逐渐减少的趋势。
虽然上新世时，现生鱼类区系的组成部分均已出现，但第4纪冰川对现生鱼类分布格局的形成产生了较大影响。主要表现在两个方面：
1、在第4纪冰期，物种整体向南退缩，不同水系之间发生鱼类区系交换；在间冰期，不同的物种分别向北扩散，造成广布种和子遗种的存在，例如一些广布种在黑龙江流域的分布和洛氏鱥在长江流域的分布；
2、冰期和间冰期的变化同时造成了长江等大的江河上、中、下游各支流之间鱼类区系的交流，并促成了上、中、下游物种分化事件的发生，形成诸多区域性分布，例如原颌鲂等种类在长江上游的分化。
 鱼类动物区系复合体
中国淡水鱼种群遗传多样性
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