上海微小卫星工程中心成立于2003年12月,是中国科学院与上海市共建的具有独立法人资格的非盈利事业单位,其前身是1999年3月由中国科学院上海微系统与信息技术研究所、上海技术物理研究所联合上海航天技术研究院、上海电信等单位组成的中国科学院小卫星工程部。2014年7月,中国科学院启动"率先行动"计划暨分类改革,上海微小卫星工程中心成为院内首批五个试点创新研究院之一,同年10月经中科院党组批准成立中国科学院微小卫星创新研究院。2017年8月22日,中国科学院正式发文成立中国科学院微小卫星创新研究院。同年9月26日,中国科学院微小卫星创新研究院正式揭牌成立。
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