1938年,原中央研究院天文研究所从南京迁到云南省昆明市东郊凤凰山(现云南天文台台址)。抗战胜利后,中央研究院天文研究所迁回南京,在凤凰山留下一个工作站,该站隶属关系几经变更,1972年经国家计委批准,正式成立中国科学院云南天文台。2001年,经中央机构编制委员会批准,将北京天文台、云南天文台等单位整合为国家天文台。云南天文台保留原级别,并具有法人资格。云南天文台的定位及中长期发展规划为:依托我国西南地区得天独厚的天文观测优势,以丽江观测站和抚仙湖观测站的观测设备为核心,大力推进地面大型天文观测设备的立项及建设,依托两站积极开展国际前沿问题的观测研究;将云南天文台打造成在国际上有重要影响力的、国内不可或缺的中国南方天文观测和研究集群。
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