卢瑟福在原子科学中的贡献，总结起来有下列几个方面：

　　提出假设，原子内部存在着一个质量大、体积小、带正电荷的部分——原子核。

　　原子内部的结构像行星系一样，有一个处于原子中心的原子核，若干个绕核运转的电子。核带正电，电子带负电，核正电量与电子总负电量相等，所以原子显中性。

　　核和电子较原子小得多，如果把原子的直径放大到北京人民大会堂一般大，那么核或者电子也不过如黄豆一样大，由此可以想象到原子内部是何等的空旷啊！

　　核的质量较电子的大得多。核的质量可以是一个氧单位的一倍到二、三百倍；而电子的质量约是一个氧单位的 1/184。所以可以认为，原子的质量主要集中在它的核上。(一个氧单位是氧原子质量的1/16)

　　卢瑟福考虑到电子是原子里带负电的粒子，而原子是中性的，那么原子核必然是由带正电的粒子组成的。这粒子的特征是怎样的呢？他又想到氢原子是最轻的原子，那么氢原子核也许就是组成一切原子核的更小微粒，它带1个单位正电荷，质量是1个氧单位。卢瑟福把它叫做“质子”。这就是卢瑟福的质子假说。1919年，卢瑟福本人用速度是20000公里／秒的“子弹” ——α粒子去轰击氮、氟、钾等元素的原子核，结果都发现有一种微粒产生，电量是1，质量是1，这样的微粒正就是质子，这就证明了卢瑟福自己的质子假说是正确的。

　　预言中子。卢瑟福考虑到原子核如果完全由质子组成，那么某种元素的原子核所带的正电荷，在数值上一定等于那种元素的原子量，因为元素的原子量，主要是由原子核决定的，核外电子的质量是微不足道的。但是事实并不是这样，元素的原子量总是比它的核所带的正电荷数大一倍或一倍以上，这说明原子核里除了质子之外，必然还有一种质量和质子相仿，但却不带电的粒子存在。所以在1920年，他提出了中子假说：原子核里存在一种“中子”微粒，它不带电，质量是一个氧单位。

实现原子嬗变 　查德威克发现中子