地球上所有不同种类的生物之间都具有或多或少的共同特征，对这种现象的通常解释是它们都起源于一个共同的祖先。例如，所有的哺乳动物都有毛发，这是因为诸如绵羊、狮子、海豚、人类以及蝙蝠等都是从一个有毛发的动物物种进化来的。因为当这个共同的祖先出现时，毛发已经成为它的一个重要特征了。再如，上面提到的绵羊、狮子等动物都用肺在空气中呼吸而不是用鳃在水中呼吸；同样，鸽子、老鹰、眼镜蛇、蝮蛇等也用肺在空气中呼吸，因此，所有这些动物肯定都是从一个用肺在空气中呼吸的祖先进化来的。同时，由于拥有肺的动物的种类数量远远超过有毛发的动物的种类数量，而且，拥有毛发的动物全都有肺，因此，我们可以断定，那个拥有肺的动物比那个第一个有毛发的动物出现的要早，它是上面提到的那些动物的更加古老的祖先；它的许许多多代以后的某一个子孙成为了鸽子和老鹰等鸟类的共同祖先，另一个若干代以后的子孙成为了眼镜蛇和蝮蛇等蛇类的共同祖先，还有一个不知多少代以后的子孙成为了绵羊、狮子、海豚、人类以及蝙蝠等哺乳动物的共同祖先。 按照这样的推理方法，我们可以发现，地球上的生物都可以分门别类地找到一些各自的共同祖先；这些祖先型生物又可以分别追溯到一些更为古老的祖先那里；最后，所有的生物的最早祖先都可以归到一个生活在非常非常遥远的过去的一个生物身上。用线条图描述这样的过程，就像是基部源于一根主干，越向上分枝越多（当然，有些中间分枝没有能够继续向上发展）的一棵大树，我们把它叫做生物系统树（也称为进化树）。
我们每一个人都能够感觉出，各种生物之间的关系有近有远。例如，同样都是动物，猴子比狗与人类更为相象；而同样都是灵长类动物，黑猩猩比猴子更像人（黑猩猩没有尾巴而猴子有尾巴就是一个证明）。正是在这种认识的基础上，十八世纪的瑞典科学家林耐首创了一套生物分类系统，根据不同生物之间在形态结构的相似程度上的不同，把生物分成由高到低的一系列分类阶元。经后人的不断完善和发展，这套分类系统现在基本上从高到低分为界、门、纲、目、科、属、种这几个阶元。 一只狮子狗、一条卷毛狗、一只苏格兰牧羊犬、一条德国黑背狼狗，它们的外表看起来相互区别很大，但是我们却知道它们在某种意义上都属于同一种动物。这是因为拥有非常类似的生物组织，尤其是拥有共同的遗传物质——基因。回忆一下“生命工厂”的比喻，我们可以形象地说，同一个物种“中央控制系统”中“磁带”中录制的信息必须体现着相同的“设计思想”。 用科学的语言给物种下个定义就是，物种（也就是“种”）是生物分类的最基本单位，是指具有一定的形态和生理上的共同特征、拥有共同的基因库、分布在一定地理范围、占有相同生态位的那些生物体的集合。同种个体间可以随机交配并能够产生有繁殖能力的后代；一个物种中的个体一般不与其它物种中的个体交配，或交配后不能产生有生殖能力的后代。一个种的名称以林耐创立的双名法命名，即对每一种生物都给予一个拉丁文的名称，用表示种属的两个词来表示：前面的词为属名、后面的词为种名。
即使在亲缘关系较远的物种之间，比如说蝙蝠和鲸，“设计思想”上的类同也往往大大地超过它们外表所表现出的不同。蝙蝠和鲸都是从一个不太远的共同祖先进化而来的哺乳动物，它们赖以形成和生存的“设计思想”的大部分是相同的。例如，呼吸、消化和排泄系统的组织结构，神经和血液循环系统的分布，造皮和造骨的方法，维持身体恒定体温的方式以及组成机体的蛋白质分子的种类等等，所有这些以及其它许多方面在蝙蝠和鲸之间的类同都多于不同。因此，这两种动物从某种意义上来说也可以被看作是外表不同的同一类动物，尽管这一次需要做一些比较深入的研究以后才能确定。至于鲤鱼和兔子，则需要做更加深入的研究才能看出它们之间在什么地方类似，同样，鲤鱼和兔子之间的类同也多于不同。 按照这种“设计思想”和形态特征在不同研究深度上显示出来的相同与不同，我们可以把生物分成一级级的阶元：例如由许多种组成属、由许多属构成科、由许多科组成目、由许多目组成纲、由许多纲组成门，最后，由许多门组成界。在上述这些基本分类阶元之间还可以插入一些略高一些（超）和略低一些（亚、次）的阶元，例如稍高的超科、稍低的亚科和次科等等。由此我们已经发现，地球上生命的多样性并不是一团乱麻般的无章可循，各种生物的相似与相异在不同层次上井然有序地表现着。
那么，拿蝙蝠和玫瑰花来比呢？这两种生物在较高层次的“设计思想”上无疑有些不一样。玫瑰花没有任何像蝙蝠的皮膜翅膀之类的东西，也没有骨头，没有心脏，没有那种能够发出超声波并用来判断障碍物的能力等等。毫无疑问，蝙蝠和玫瑰花的区别已经是现有生命世界中更高层次的区别了，我们把这个层次定义为界。现在被科学家广泛接受的高层次生物分类系统是五界系统，即将所有生物分为原核生物界、原生生物界、真菌界、植物界和动物界。
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