在球菌中，有的孤身只影，称为单球菌，例如尿素小球菌；有的成双成对，称为双球菌，例如肺炎双球菌；有的4个菌体连在一起，称为四联球菌；有的8个菌体像“叠罗汉”一样地叠在一起，称为八叠球菌，例如藤黄八叠球菌；有的菌体像一串串珠子链儿一样连在一起，称为链球菌，例如乳酸链球菌；还有的菌体不规则地聚集在一起，看起来像一串串的葡萄，成为葡萄球菌，例如金黄色葡萄球菌。 杆菌中又分为长杆菌（例如结核杆菌）、短杆菌（例如谷氨酸生产菌）和中型杆菌（例如大肠杆菌）。有的杆状菌体能连在一起，这样的杆菌称为链杆菌（例如炭疽杆菌）。还有的杆菌体能长出侧枝，这样的杆菌称为分枝杆菌（例如结核杆菌）。
除了上述这4个类群之外，还有一类丝状细菌，其杆状菌体连成长链，外面由一个共同的粘质衣鞘包围，形成丝状或毛发状的菌丝。这样的细菌称为鞘衣细菌，常见于下水道或其它有机质丰富的水里。 如果我们把细菌切开来观察，细菌的最外层是结实的保护层，称为细胞壁，它包裹着整个菌体使细胞有固定的形状。其主成分是肽聚糖。细胞壁的里面是一层又薄又柔软而且富有弹性的透膜——细胞膜，它是细胞内外的交换站，控制着细胞内外的物质交换。细胞膜由脂类、蛋白质和糖类组成，它的里面就是细菌的所有生命物质--细胞质。细胞质由一团粘稠的胶状物质组成，内含各种酶系统，是生物化学反应的场所，也是贮藏代谢产物的“仓库”，化学成分主要是水、蛋白质、核酸和脂类等。细菌的细胞质内有一个核区，但是这种“核”与真核生物的细胞核不同，没有核膜包围，只是由遗传物质卷曲缠绕而成，其化学组成主要是核酸。 有些细菌除了具有一般的细胞结构外，还具有一些特殊的结构，如荚膜、芽孢、鞭毛等。 荚膜是某些细菌细胞壁外具有的一层果冻般的粘液状的膜,可以阻抗有害化学物质对细菌的侵害。因此，有荚膜的细菌不易被药物杀死。荚膜的成分因细菌而异，大多数是多糖或多肽。 某些细菌在其生命活动中的某个阶段可以从营养细胞内形成一个圆形或卵圆形的内生孢子，称为芽孢。芽孢是细菌的休眠体，含水量低，壁厚而致密，对热、干燥和化学物质的伤害的抵抗能力很强。芽孢能够脱离细胞独立存在，在干燥的环境里能存活10年之久，当条件适宜时，芽孢就发芽长成新的菌体。但是芽孢不是繁殖后代的方式，因为一个菌体只能产生一个芽孢。细菌繁殖后代是由细胞分裂的方式进行的。 有些杆菌和弧菌还能长出很细很长的被称为“鞭毛”的丝状物。鞭毛是深植于细胞质中的运动器官，鞭毛的旋转可以推进细菌迅速地运动。球菌通常没有鞭毛，杆菌中有的有有的没有，有的则在生长过程中的某一阶段才有。弧菌和螺旋菌都有鞭毛。有些细菌如螺旋体等不借助于鞭毛运动，而是借助于细胞中有弹性的轴丝体伸缩而使菌体运动。
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